La commune a connu une occupation protohistorique et gallo-romaine. Une fouille préventive réalisée à l'occasion d'un projet de lotissement, au centre de Steene a abouti à un premier diagnostic (septembre 1997) par le Service régional de l'archéologie, avec repérage de vestiges médiévaux, et d'autres plus anciens, datant probablement de La Tène (second âge du fer). Un fossé « décrivant un angle droit et contenant un remplissage très noir fortement chargé en charbons de bois et en éléments d'argile cuite ». Des morceaux de céramique (non tournée, décorée au peigne laissent penser qu'il date de la période gauloise (La Tène) ou du début de la période romaine. Une fosse quadrangulaire de 0,6 x 1,30 mètre de la terre mélangée de charbon de bois et de fragments d'os calcinés (peut-être humains). Le feu n'a pas été fait dans la fosse (car ses parois ne sont pas rubéfiées). D'autres fosses ont révélé des céramiques médiévales (xve siècle environ), avec notamment des cruches à col déjà connues comme production locale. Ces dépôts suggéraient la proximité d'une habitation ou d'un lieu de travail.

Une évaluation supplémentaire a donc été faite en janvier 1998, en deux semaines, sous une météo peu propice, sur +/-1 500 m2, permettant de mettre au jour 3 enclos, six sépultures à incinération, et un réseau fossoyé (en partie détruit par des travaux de drainage. Les enclos sont quadrangulaires. Ils mesurent de 35 à 60 m2 selon les cas. Les sépultures ne sont pas conjointes et pourraient être ménapiennes ; ce sont des tombes rectangulaire, à incinération, pleines de charbon de bois et d'os calcinés (avec peu de traces d'éléments votifs). Un silo et des trous de poteaux évoquent un bâtiment rectangulaire cerné d’un petit fossé circulaire. Une fusaïole et des morceaux de pesons triangulaires montrent qu’on y a filé et tissé des fibres. Des clous de sauniers confirment l'exploitation de sel marin connu dans la région. Le réseau fossoyé pourrait être celui de champs datant (selon les tessons de céramique associés) de la Tène finale.

Une voie romaine venant de Cassel et menant à Mardyck à travers la Flandre maritime traversait le village.

L'époque de la création de Steene est à ce jour mal connue. En 857, est citée le nom de Stem dans un titre ainsi que Bergues pour la première fois. L'écriture de Steene telle qu'on la connait aujourd'hui, est relativement récente. On peut recenser au moins sept écritures différentes au fil du temps :

Steene possède une remarquable église , datée du XVIème siècle (église actuelle) et un château "le château de Steenbourg" construit dans la deuxième moitié du XVIème siècle sur les bases d'une demeure féodale datant du XIVème, modifiée à la fin du XVIème pour donner son aspect actuel, construit de briques de sable jaune et de pierres avec une toiture en ardoise, forme un " U" flanqué de quatre tours octogonales et entouré de douves en eau. Selon les dires des "anciens" du village et la légende, le château serait hanté par une mystérieuse petite fille.

La commune reçoit en 1948, la Croix de guerre avec étoile de Bronze, par le Secrétaire d'Etat aux forces armées qui déclare : « Point de résistance des troupes alliées en 1940, la commune de Steene s'est trouvée sur la ligne de feu en 1940 et 1944. Sa population a énergiquement résisté à l'ennemi et a fait preuve du plus grand courage »